Систематический санитарно-эпидемиологический надзор в Москве осуществляется с 1884, когда Московская городская дума утвердила комиссию санитарных врачей в составе 20 человек.
Первая СЭС создана в 1891 Ф.Ф. Эрисманом при организованном им Гигиеническом институте. По договору она осуществляла санитарный контроль воды открытых водоёмов, почвы и пищевых продуктов, продаваемых на рынках. В 1921 преобразована в Московский санитарный институт.
В 1933 созданы городские и районные санитарные управления Мосгорздравотдела и отраслевые инспекции (жилищно-коммунальная, по общественному питанию, общепищевая, по борьбе с эпидемиями, фабрично-заводской санитарии). В 1936 в Кировском районе открылась первая в Москве районная СЭС.
С 1949 функционировали МосгорСЭС и районные СЭС.
В 1985 в Москве было 34 СЭС, где работали 2700 санитарных врачей и эпидемиологов и 3580 их помощников.
В связи с реорганизацией городского управления (1992) в Москве созданы центры санэпиднадзора административных округов (9) во главе с городским Центром санэпиднадзора (Графский переулок, 4/9), в подчинении у которого находятся дезинфекционные станции.
В 1995 в центрах санэпиднадзора работали 1100 специалистов (санитарные врачи, эпидемиологи, энтомологи, химики и др.) и 1300 средних медработников. В задачи СЭС Москвы входят обеспечение санитарно-эпидемиологического благополучия населения, выявление и ликвидация вредных для человека влияний среды его обитания, оценка и прогнозирование состояния здоровья населения Москвы.
Центры СЭС Москвы:
Центр государственного санитарно-эпидемиологического надзора г. Москвы – юридический адрес: 129626, МОСКВА ,ГРАФСКИЙ ПЕРЕУЛОК, 4/9
ТЕЛЕФОН: (095) 287-31-41
ЦГСЭН ЦАО г. Москвы
Юридический адрес: ул. Кузнецкий мост, 1/8
ЦГСЭН САО г. Москвы
Юридический адрес: 125212, ул. Адмирала Макарова, д. 10
ЦГСЭН СЗАО г. Москвы
Юридический адрес: Ул. Академика Курчатова, д. 17
ЦГСЭН СВАО г. Москвы
Юридический адрес: 129327, ул. Летчика Бабушкина, 19/1
ЦГСЭН ВАО г. Москвы
Юридический адрес: 2-ая Владимирская ул., д.46, кор.2
ЦГСЭН ЮВАО г. Москвы
Юридический адрес: Волгоградский пр-т.,д.113, кор. 5
ЦГСЭН ЮАО г. Москвы
Юридический адрес: 115201, Ореховый бульвар, д.27
ЦГСЭН ЮЗАО г. Москвы
Юридический адрес: ул. Фотиевой, д. 6, кор. 2
ЦГСЭН ЗАО г. Москвы
Юридический адрес: ул. Б. Филевская, д. 33
ЦГСЭН на транспорте в Шереметьево
Юридический адрес: Москва, К-340, аэропорт Шереметьево
ЦГСЭН на транспорте во Внуково
Юридический адрес: 103027, г. Москва, ул. Центральная, д. 8
ЦГСЭН в Зеленоградском округе г. Москвы
Юридический адрес: 103489, г. Зеленоград, Медицинский комплекс, д. 6, стр.1